莆田市处闽中沿海山地、丘陵带，地势由西北向东南倾斜，西北高，东南低，横剖面呈马鞍状，背倚戴云山脉，面对台湾海峡。

西北部多为中低山，海拔500～1800米，有千米以上的山峰43座，其中位于仙游-永泰-德化交界处的石谷解海拔1803米，为市内最高峰。

中部为低山、丘陵、平原与盆谷错综其间，地势较平坦，有兴化平原，仙游东、西乡平原、南方平原、枫江平原等，平原海拔多在60米以下。其中最大的平原是兴化平原，俗称南北洋平原，面积4.64万公顷，是福建省第三大平原。

莆田境内海岸线长达343.6公里，约占福建省海岸线总长的10.3%，东南部为沿海低丘陵带，多半岛、岛屿和海湾，海岸线曲折，长达233.9千米。拥有湄洲湾、兴化湾、平海湾，其中湄洲湾的秀屿、东吴水深港阔、不冻不淤，三湾之间有埭头半岛、忠门半岛、秀屿半岛。有大小岛屿150多个，其中以南日岛、湄洲岛及乌丘屿最为著名。 被誉为“世界不多，中国少有”的天然良港。