南京中山植物园作为中国中、北亚热带的植物研究中心，植物园保存植物3000种以上；建成专类园（区）10个；拥有馆藏标本70万份；设有观赏植物中心、药用植物中心、植物信息中心、植物迁地保护重点实验室和华东地区最大的植物标本馆，是中国最早加入“国际自然和自然资源保护联盟”的植物园，为IUCN濒危植物委员会成员；曾成功地主办了亚洲史上第一次国际植物园学术讨论会及第十一届国际植物园协会大会。
南京中山植物园又分为南、北两个园区：
北园是老园区，是我国中、北亚热带的植物研究中心，拥有专类园（区）10个；设有观赏植物中心、药用植物中心、经济植物中心等以及江苏省药用植物研究开发中心、江苏省植物迁地保护重点实验室，还有华东地区最大的植物标本馆，拥有馆藏标本70万份。还有桥世界，可供孩子们玩耍。
南园是新园区，于1999年起开始建设。拥有以热带植物宫（三片叶子造型）为主体的11个区域，分别是展览温室、禾草园、水生园、城市景观植物区、岩石园、森林休闲区、孢子植物区、竹园、经济植物展示区、植物迷宫和原有的盲人植物园，收集活植物共3000余种。南园于2007年国庆对社会开放，并命名为“江苏省中国科学院植物研究所植物博览园”，以展示植物景观为主，兼顾科学普及和休闲游览的功能。南京中山植物园原名总理陵园纪念植物园，是中国第一座国立植物园，建于1929年，是中国四大植物园之一，一座享誉中外，集科研、科普和游览于一体的综合性现代化植物园，是中国植物科学研究、观赏和植物学知识普及教育的基地。
园内设施：展览温室、禾草园、水生园、城市景观植物区、岩石园、森林休闲区、孢子植物区、竹园、经济植物展示区、植物迷宫、盲人植物园。