铁路

新长铁路，宁启铁路穿境而过，境内主要的 南通火车站

客站有：南通站，如皋站和海安县站。南通站现已融入国家铁路网，从南通可以到达全国各地，海安县站为江苏省除徐州外的最大的二级编组站。南通东站已开通货运。

2014年3月1日，世界最大跨度公铁两用斜拉桥——沪通长江大桥在长江下游南通段打下第一桩，标志着沪通长江大桥正式进入实质化建设阶段，工程预期5年6个月。沪通长江大桥建成后，南通到上海动车只需1小时左右。

地铁

南通轨道交通建设开始进入环评阶段，市轨道交通远景线网由4条市区线和4条市域线组成，线网总长约324km，其中城市轨道交通总长170.8km；市域轨道交通总长153.2km，其中2条路线将在近期建设。

航空

南通兴东机场位于南通城区东北18公里的 南通兴东机场

通州区兴东镇，占地面积1700多亩，于1992年底竣工，1993年投入使用。 从市区校西公交停车场可乘611路到达，在通州区客运站可乘213路到达。