兵法手段

当1926年秋广东国民革命军出师北伐进抵武昌时，川军各部也相继易帜改称“国民革命军”，邓锡侯所部被编为国民革命军第二十八军，邓任军长、并兼任武汉国民政府军事委员会委员、第七路军总指挥。他将该军扩充至五个师，十七个混成旅，一百一十四个团，另有炮兵特科部队若干。邓及其所部之旅、师长在自己的驻防区内，独断专行，发号施令，就地筹饷，预征田赋；抓丁派夫，扩充部队。驻地有民谣说：“自古未闻粪有税，而今只有屁无捐”，“一年几征粮，百姓饿断肠”。同时，他在松（潘）茂（县）等藏、羌民族地区，实行所谓“用阳刚的手腕，图温和的成绩，举国家的财力，实力，强制其同化与统一”的大汉族主义政策。邓锡侯还长期控制了设在成都的四川造币厂，大量铸造银洋铜币，以保障日益增长的军需供应。
1931年，邓锡侯伙同刘文辉、田颂尧教训名义上的部下李家钰。1932年秋，四川军阀之间爆发了规模最大的混战，即“二刘（刘湘、刘文辉）之战”。由于刘湘向邓求助，邓锡侯暗中协助刘湘袭击了刘文辉，刘文辉愤恨至极，曾欲设“鸿门宴”诱杀邓锡侯及其部属，达到不战而瓦解邓锡侯的军队。邓获刘部密报出走新都宝光寺，陈离师长来迎。邓在旅长以上官员的会上动员说：“大家要众志成城，万箭齐发，一举渡过毗河，再克成都。这一仗打胜了，薪饷才能按月发放。”当刘文辉指挥第二十四军攻占崇宁县后，刘、邓两军便在毗河两岸对峙，邓军黄隐部并砍掉都江堰内河的马杈，造成毗河两岸泛滥成灾。邓锡侯感到对峙局面于己不利，乃不得已通过刘湘的高参刘从云向刘湘讲明：邓、刘两军鹬蚌相争已呈胶着状态，只要第二十一军出兵，刘文辉必定垮台，甫公（刘湘号）就可以趁势统一四川了。刘湘采纳其议。刘邓双方在毗河打了一个多月，未分胜负。同时，刘文辉二十一军内部分裂，众保定系将领夏首勋、林云根、张清平等与二十八军陈书农、黄隐、陈离等师长商量和议，要求保定系团结一致，和力对付刘湘。然未实现。果然，刘湘第二十一军一出击，刘文辉即由毗河向岷江一线溃退。在邓锡侯、刘湘等联合进攻下，刘文辉部全线瓦解，只好率残部退守西康。至此，四川军阀最后一场混战宣告结束。
正当邓锡侯与刘文辉在毗河鏖战时，徐向前领导的中国工农红军第四方面军解放了川北通江、南江、巴中、宣汉、达县等地，建立起川陕革命根据地。蒋介石一面调集“中央军”胡宗南部进驻川陕甘边境阻止红军北上，一面委派刘湘就任四川“剿总”军总司令，统一指挥全川各军。邓锡侯任第一路军总指挥，率部进剿川北苏区；他在“剿总”会上表示：“末将听令，愿效驱策”，为完成剿灭共军的任务，“牺牲一切在所不辞”。但会后他却不听刘湘的调遣，把第二十八军的四十一个主力团分为前方进剿与后方整训两大部分，定期轮换，不把军力全部投入前线。他命第七师师长马毓智代理军长，驻在成都与刘湘周旋，自己则坐镇设在绵阳的第一路军总指挥部里督师，由陈书农任前敌总指挥。

败于红军

1933年11月，邓锡侯部十多个团先后到达昭化，广元一线布防，伺机出击。由于当时红四方面军王树声部自动缩短战线向后撤退，邓军得以踯躅前进，半年多才占领旺苍、南江两县。
1934年6月，邓部奉命进攻通江，进抵小通河沿岸与红军对峙。8月，红四方面军在万源一战击溃刘湘主力，军威大振，迅即回师西向，横扫川军其余各部。邓锡侯部望风披靡，阵脚大乱，损失惨重，邓只好到广元整顿残部。他对惊魂未定的部属说；"你们进攻了几个月，才打到小通河，但是撤退时，几天就跑回来了。你们一趟子跑了七百多里，真是跑得快哟。我不怪士兵，但要问一问这些指挥官究竟在干什么?"第二十八军撤至广元县不久，部队番号改为国民革命军第四十五军。1935年3月，红四方面军主力。西渡嘉陵江，向川西北方向转移。邓锡侯令其前敌总指挥陈离率部在剑门关堵截，结果一个团被红军歼灭，邓只好命令杨晒轩所部坚守江油、中坝、梓潼一带。当红军西进茂县、汶川等藏族，羌族聚居地区时，邓锡侯又令四个团在松潘茂县地域设伤，妄图阻止红四方面军与红一方面军会师，结果又被红军击溃。

弃暗投明

6月，毛泽东、朱德率领红一方面军飞夺泸定桥后，又迅速攻占天全、宝兴，欲与在理县、茂县的红四方面军会师。此时，邓锡侯奉命率部企图从后山侧击已抵达宝兴县之红军。行军途中，他接到红军总司令、护国战争期间就已认识的朱德和红军总参谋长刘伯承的信。信中恳切劝告邓说："党中央、毛主席号召，国难当前，应停止内战，一致抗日。红军北上抗日，如兄部愿来，我们欢迎，如有困难，暂时不来，希望互不干扰......"邓一方面受到感化，一方面也为保存实力；一方面要按照朱、刘的要求给红军让路，一方面又要向"剿总"交差应付，因此只好命令跟踪部队的黄隐、李树骅部始终与红军保持一天行程距离，不时还要对空乱放几枪几炮。就这样一直尾随红一方面军离开宝兴，翻越夹金山。