水资源

石河子
垦区水资源较为丰富，地表有河水、泉水，境内有玛纳斯河、宁家河、金沟河、大南沟河、巴音沟河等五条河流，河水年径流量15.3亿立方米，地下水可采量3亿立方米。建有大中小型水库11座，蓄水总量4.33亿立方米。
石河子垦区地下水动储量10.99亿方，认定可采量7亿方。2013年垦区水资源径流量13.40亿立方米，其中，地表水资源8.91亿立方米，地下水资源4.49亿立方米。淡水面积8.40千公顷，其中，可养殖面积占34.5%。年末15座水库总容量5.38亿立方米。全年总用水量中农业灌溉用水12.42亿立方米，工业、生活及城市绿化用水0.98亿立方米。
土地资源

石河子土壤质地良好，以壤土为主。全市土地总面积共7529平方公里，现有耕地301.69万方，2003年正播面积240万亩。2013年末，垦区拥有土地面积6007平方公里，其中，耕地2449平方公里，园地99平方公里，林地238平方公里，草地696平方公里，城镇及工矿用地276平方公里，交通运输用地116平方公里，水域及水利设施用地314平方公里，其他用地1819平方公里。
生物资源

垦区生物资源比较丰富，发展农林牧条件较好。棉花、甜菜、瓜果质优产量高；畜牧业以牛、羊、猪为主，培育成著名的中国美利奴新疆军垦型细毛羊；药用野生植物种类多；草场面积大，草质优、产草量高。
石河子垦区野生动植物繁多。主要飞禽有鹰、雁、野鸭、天鹅、喜鹊等20多种,，已有天鹅、仙鹤、白鹭等候鸟在蘑菇湖水库栖息。走兽有鹿、黄羊、狐狸、狼等20多种。野生牧草有62科314属567种，其中可药用者有麻黄、地黄、黄芪、益母草、仙鹤草、薄菏、荆芥、防风、甘草、枸杞、柴胡等140种。常见乔木有杨、柳、榆、白腊；灌木有梭梭柴、红柳、沙枣。北部沙漠区蕴藏有石油，南山有煤矿可开采。
粮食作物品种：冬麦品种有新冬17、18、19、20、21号，石冬7、8号；春麦主栽品种有新春2号、6号、8号。玉米主栽品种有SC－704。大豆主栽品种有石大豆1号、2号，新大豆1号。
经济作物品种：棉花品种为新陆早8号、9号、10号、13号、14号，中棉36号等。油料作物主种油葵，品种为美国G101、新葵杂4号、6号等。
林业资源

2002年年末，垦区现有人工林保存面积31.19万亩，其中防护林18.8万亩，防沙基干林1.1万亩，经济林3.63万亩，用材林0.22万亩,其它林4.41万亩,退耕还林3.03万亩。林木蓄积117万方。同时人工封育保护荒漠植被302万亩。