亳州市华佗中医院是一所集医疗、科研、养生等为一体的综合性中医医院。是国家“二级甲等中医医院”、“全省示范中医院”、国家执业医师资格（中医类别）实践技能考试基地；市、区职工医疗保险和城镇居民医疗保险主要定点医院、区新农合唯一一家定点二级医院、；安徽中医药大学、阜阳卫校、亳州中药科技学校等院校的教学医院。
亳州市华佗中医院是一所二级甲等中医院，是全省示范中医院，是安徽省“北华佗、南新安”中医发展战略的重点建设单位。被安徽省中医药大学确定为临床教学医院。
近几年来，医院开展了诚信医院的建设，坚持“以人为本”、“以病人为中心”的管理理念，取得了良好的成绩，两次被谯城区创建文明行业活动指导委员会授予“创建文明行业活动先进单位”的称号，2002年及2004年被中共亳州市委、亳州市人民政府授予亳州市第一届和第二届“文明单位”、2003年被省人事厅、省卫生厅授予“全省卫生系统先进集体”称号，四个科室获得市级“青年文明号”光荣称号。