萧县历史悠久。近从龙城镇东南倒流河沿岸发掘了的花甲寺、金寨、大蔡庄、北泉、城阳等处新石器时期文化遗址，说明在原始社会末期，这里已有很高文化和发达的经济。夏、商、周三代，这里是中原文化和东夷文化的交汇区，早在夏代这里就是萧国古邑。春秋时期属宋国，曾复建萧国为宋附庸。宋偃王47年（前286年）宋亡，属楚国，为萧邑。

秦朝

秦王政二十三年（前224年），置泗水郡（治沛，今江苏沛县境），设萧县（治萧故城），属之。

西汉

汉王元年（前206年）四月，萧县（仍治萧故城 天门寺

）属项羽西楚国（都彭城，今徐州市）泗水郡（仍治沛）。高祖五年（前202年）正月，泗水郡改属韩信楚国（都下邳，今江苏睢宁县古邳镇），萧县仍属之。在今境内设杼秋县（治今孙庙乡老黄口），属彭越梁国砀郡。六年春，萧县改属汉沛郡（治相，今淮北市相山）。十一年三月丙寅，砀郡改属刘恢梁国（都睢阳，今河南商丘南）。高后七年（前181年）二月，砀郡改属吕产吕国。八年八月，砀郡改属梁国。后九月，砀郡归汉。文帝前元二年（前178年）二月乙卯，砀郡改为刘楫梁国。十二年，改属刘武梁国。元封五年（前106年）四月，沛郡、梁国属豫州刺史部。本始三年（前71年）六月甲辰，宣帝封丞相韦贤为扶阳侯（都今萧县西南30公里与淮北市交界的岱河东岸），侯国属沛郡，自此境内分设3个县、国，分属2个郡、国，余仍之。

王莽篡政，改沛郡为”吾符郡”，又作”吾府郡”，改梁国为”陈定郡”，改扶阳侯国为县，又改作”合洽县”，改杼秋县为”予秋县”。更始元年（23年），刘秀封为萧王。

东汉

东汉初，恢复旧政区名，今县境设萧县（仍治萧故城）、杼秋县（仍治孙庙乡老黄口），属沛郡（仍治相，今淮北市相山）；扶阳县（仍治故侯国邑）仍属砀郡，2个郡仍属豫州（治谯，今亳州市区）。建武十三年（37年），扶阳县改为韩歆的扶阳侯国。十五年正月辛丑，扶阳侯国除为县，不久废。今县境仍设萧、杼秋2个县，仍属豫州沛郡。二十年六月乙未，改沛郡为刘辅沛国（仍都相）。

三国

延康元年（220年）十月，曹魏代汉，今县境仍设萧（仍治萧故城）、杼秋（仍治故城）2个县，仍属豫州（初治谯，后多次改治）沛郡（初治相。太和三年，改治沛县，今属江苏沛县境）。黄初二年（221年），追封曹熊为萧公。太和三年（229年），改萧公国为萧王国（仍都萧故城）。六年，萧王曹炳殁，无子，国除为县，改属沛国（都沛）。青龙二年（234年），萧县改属豫州谯郡（均治谯，今亳州市区）。景初二年（238年），萧县（仍治萧故城）改属豫州汝阴郡（治汝阴，今阜阳市区）。嘉平五年（253年），萧县改属谯郡（仍治谯）；杼秋县仍属沛郡（治沛，故沛城）。

西晋

咸熙二年（265年）十二月，西晋代魏，改元泰始，仍设萧县（仍治萧故城，曾封司马丙于此）、杼秋（仍治故城）2个县。十二月丁卯，2个县改属司马景沛国（都相），仍属豫州（初治项，今河南沈丘县城。后改治陈，今河南淮阳县）。永嘉五年（311年），豫州没于刘汉国石勒部，改沛国为沛郡。

东晋

东晋初，曾收复。大兴元年（318年），入石勒。二年，复入东晋。太宁初（约323年），入后赵。永和五年（349年），入冉闵。七年，冉闵豫州刺史冉遇降晋。光寿元年（357年），地入前燕，属前燕豫州（治颍川郡，今许昌东）沛国，余仍西晋旧制。太和五年（370年），前燕亡，入前秦，仍之。建元十六年（380年），沛国改属东豫州（治许昌）。淝水战后（383年），地属东晋徐州。东晋义熙七年（411年），置北徐州（治彭城，今徐州市）。今县境杼秋县在东晋乱后废，萧县（仍治萧故城）侨置沛郡（又称北沛郡，兼郡治），在城北侨置相县，又称在黄杨城、北辰集置沛郡，实为1个侨郡，领相、萧、杼秋县。

南朝·宋

元熙二年（420年）六月，刘宋代晋，今县境仍为北徐州（仍治彭城）侨置沛郡（治侨置相，今萧故城或其北），领相、萧县。永初三年（422年），去”北”字，属徐州（仍治彭城）。

北朝·北魏

和平六年（465年），占领萧县。泰始二年（466年），淮北地区渐入北魏。梁大通元年（527年），梁占领萧县。不久，复入北魏，今县境设龙城县（治今县城龙城镇东），属徐州彭城郡（均治彭城）；萧县（仍治萧故城）属沛郡（治萧）。

南朝·梁

梁占领期间仍设萧县（治萧故城），属睢州（治顿丘侨县，今宿州市老符离集）沛郡（改治淮阳，今宿州市解集）。

北朝·东魏

永熙三年（534年）十月，东魏承袭北魏东部地区，入东魏。武定五年（547年）正月，侯景叛东魏。二月，降梁，入梁。十一月，复入东魏，今县境内设萧县（仍治萧故城），属徐州（治彭城，今徐州市）沛郡（仍治萧县）。

北朝·北齐

武定八年五月，北齐取代东魏，仍之。天保二年（551年），一说七年，改萧县为承高县（仍治萧故城），仍之。七年，撤销沛郡，承高县改属徐州彭城郡（均治彭城，今徐州市）。

北朝·北周

建德六年（577年）二月，灭北齐，承高县（仍治萧故城）及复置龙城县（仍治今龙城镇东）属徐州彭城郡（均治彭城，今徐州市）。

隋朝

北周大定元年（581年）二月，隋代北周，改元开皇，今县境仍设承高（初治萧故城）、龙城县（仍治今龙城镇东），属徐州彭城郡（均治彭城，今徐州市）。开皇三年（583年）撤郡，直属徐州。六年，撤销龙城县，并入承高县（仍治萧故城）。十八年，改承高县为临沛县（仍治故萧城），仍属徐州。大业二年（606年），改临沛县为萧县（仍治故萧城），仍属徐州。三年四月，改徐州为彭城郡，属徐州刺史部。

唐朝

大业十四年（618年）五月，唐代隋朝，改郡为州，今县境设萧县（仍治萧故城），属徐州（仍治今徐州市）。武德四年（621年）五月，平王世充，仍之，属徐州总管府（治徐州）。贞观元年（627年），徐州属河南道地理区。八年，改徐州总管府为都督府。十七年，罢徐州都督府。开元二十一年（733年），徐州属河南道（治汴州，今开封市）。天宝元年（742年），改徐州为彭城郡（仍治彭城）。至德元载（756年），徐州改属淮西镇节度（治汝南，今河南汝南县）。二载十二月，彭城郡复名徐州。贞元四年（788年），徐州改属徐泗濠节镇（治徐州）。大中二年（848年），徐州改属武宁军节镇（仍治徐州）。咸通三年（862年），取消武宁军号。十一年，改属徐泗观察使。十一月丁卯，更名感化军节镇（仍治徐州）。光化二年（898年），复为武宁军节镇（仍治徐州）；不久，改为感化军。天复二年（902年），罢感化军，萧县仍属徐州。

清朝

顺治二年（1645年）正月，入清，萧县仍属南直隶（仍 乾隆圣旨碑

治今南京市）直隶徐州。顺治二年闰六月乙巳（1645年8月19日），萧县（仍治今龙城镇）改属江南省（治江宁，今南京市）直隶徐州（仍治今徐州市）。十八年，直隶徐州改属江南省左布政使司（治江宁）。康熙五年（1666年），直隶徐州改属江南右布政使司（治苏州府，今为市）。六年七月甲寅（1667年8月30日），直隶徐州属江苏省（仍治苏州府，今苏州市）。九年四月丁亥（1670年5月19日），直隶徐州改属江苏省淮扬道（治山阳，今江苏省淮安区，即2001年前的原县级淮安市）。十五年，直隶徐州改隶江苏省淮徐道（治徐州）。雍正十年二月甲寅（1732年3月22日），淮徐道改治宿迁县（今属江苏省）。十一年三月癸巳（1733年4月25日），升直隶徐州为府（治附郭铜山县，今市区），属淮徐海道。咸丰十年（1860年），徐州府改属江苏省淮徐扬海道（治徐州府）。同治四年（1865年），徐州府改属淮徐海道。光绪二年九月丁丑（1876年11月5日），徐州府改属淮徐道。清代，江南省、江苏省先后属江南、江西、河南、江南、两江总督（驻江宁，今南京市）。

中华民国·北京政府

民国元年（1912年）1月，废道、府，萧县（仍治今龙城镇）属江苏省。3年6月2日，属江苏省徐海道（治今徐州市）。废道后，萧县直属江苏省。

中华民国·南京政府

民国16年6月2日晨，国民革命军第三路前敌总指挥王天培部占领徐州，经萧城，进入南京国民政府江苏省控制区。民国21年（1932年）10月10日，萧县属江苏省铜山专区又称第九专区，专员驻铜山，今徐州市区）。民国27年（1938年）5月18日，萧城沦陷，萧县政府解体，萧县政府为抗日民主政府取代。民国29年（1940年）3～5月，国民党萧县流亡政府在七区迎风口一带活动。5月14日，驻临黄镇（今管粥集），时称”北政府”，后据萧西地区。民国33年（1944年）11月25日，伪顽合流，在临黄镇及附近的亲民村、胜利村、陆庄组建萧铜丰沛四县联防政府，并以四村镇为临时流亡县府驻地。萧县在抗日战争和解放战争存在期间，属江苏省第九专区。民国35年（1946年）7月18日，国民党军队占领萧城。24日，萧县政府从临黄镇迁往萧城。民国37（1948年）年11月13日，中国人民解放军解放萧城，萧县全境解放。[3]

中华人民共和国

建国后，1949年4月属宿县专区，1952年属江苏省，1955年属宿县专区，1956年属蚌埠专区，1961年属宿县专区。