宁德属中亚热带海洋性季风气候，冬少严寒，夏少酷暑；气候湿润，雨量充沛；夏季最长，秋季最短；气候资源丰富、气象灾害频繁。由于有4个高海拔山区县，气象要素的地理差异较大。全市年平均气温为17.5℃、生长期327.9天、无霜期270.4天、日照时数1637.7小时、降水量2350毫米。降水集中两个时段，即5～6月的雨季（前汛期）和7～9月的台风季（后汛期）。年平均有3.5个台风影响，暴雨日数年平均5.7天，大暴雨年发生概率全市平均为80.3%，特大暴雨多为台风影响造成，其中柘荣出现特大暴雨的概率最大。

境内水系发达，河流密布，较大的河流有24条，流域总面积为1.19万平方公里，占全市土地总面积的88.46%。其中最大的交溪和霍童溪两条水系的干流及其10条较大的支流，控制面积0.78万平方公里，占全市流域总面积的65.5%。地下水资源约占水资源总量的14%左右，分布于全市各地，特别是西部、北部和中部地区。全市的水资源总量高于全省平均水平。

闽东海阔港深。海岸线长度878公里，居福建省设区市之首；海域面积4.46万平方公里，浅海滩涂面积9.34万公顷，可供作业的海域面积是境内陆地面积的3.3倍。区域内有大小港湾29个，其中三都澳深水岸线长度居全省港口之首。