土地资源

2012年南沙区有耕地面积22.58万亩，其中粮食播种面积4.4万亩、粮食产量，蔬菜种植面积11.87万亩，甘蔗种植面积0.5万亩，水果种植面积4.95万亩，产量7.41万吨。可利用林地面积3.4万亩，森林覆盖率6.9%。

水资源

南沙区主要有虎门、蕉门、洪奇沥三条水道，径流量为4.82亿立方米，多年平均过境流量1377亿立方米。其中虎门水道603亿立方米、蕉门水道565亿立方米、洪奇沥水道209亿立方米，分别约占珠江年径流总量的18%、7%、6%左右。全区现有蕉东联围等九大联围外江堤防，总长236.3公里。

生物资源

动物类以鱼类为多，如随咸水上涌到海口附近繁殖的黄鳝、黄鲫等，从咸水溯江回游产卵的鲥鱼、黄鱼，从江河入海回游产卵的河鳗，常年在江河附近繁殖的鲍鱼、鳗鱼以及自然生长的鳗、鲩等。甲壳、贝类、两栖动物、爬行动物类品种繁多。植物类的各类树、竹、花草、藻类品种繁多。

矿产资源

南沙、黄阁一带花岗岩储量丰富。