再次拜相

696年（万岁通天元年），契丹作乱，攻陷冀州（今河北临漳），一时间河北震动。为了稳定局势，武则天起用狄仁杰为魏州（今河北大名）刺史。狄仁杰到职后，改变了前任刺史尽趋百姓入城，缮修守具的作法，让百姓返田耕作。契丹人听闻后，退兵而去。不久，狄仁杰改任幽州都督，获赐紫袍、龟带。武则天还在紫袍上书写了十二个金字，以表彰狄仁杰的忠诚。[15]

697年（神功元年），狄仁杰升任鸾台侍郎、同凤阁鸾台平章事，加银青光禄大夫，兼纳言。当时，朝廷征发百姓戍守安西四镇，以致怨声载道。狄仁杰为此上表劝谏，又建议废除安东都护府、重立高氏为君主，暂停江南粮草运输、抚慰河北。朝廷虽未采纳，但有识之士都认为他的意见正确。不久，狄仁杰代理纳言，兼右肃政台御史大夫。[16]