德州是我国古代农业文明的重要发祥地之一。早在大汶口文化时期，这里便进入锄耕农业阶段，后历经龙山文化、夏、商、西周三代的不断发展，至春秋战国时期，已经成为一个农业大区。农业的发展在很大程度上依赖于农业科技的进步。春秋战国时期，德州运河区域的农业科技如农时学、地宜学、大农业观、生产工具、耕作技术、农田水利等方面都取得了很大成就。

在社会发展的早期阶段，自然环境对人类的发展起着一定的作用。德州因地处黄河下游，境内错落有致地分布着比较广阔的冲积平原，地势平坦，土层深厚，蕴水丰富，是农业发展的理想场所。先秦时期，德州运河区域气候温暖，雨量充沛。古老的黄河、济水、漯水、鬲津河、马颊河、胡苏河、钩盘河、徒骇河等河流经境内，丰富的自然资源不但为农业的发展奠定了比较坚实的基础，而且还为发展农业提供了优越条件。此外，德州东临渤海，西有清河，具有天然屏障，足以保护其发展中的农业不致遭到扼杀，为在列国割据兼并的年代里发展经济和文化提供了较为稳定的环境。

现据考古发现与研究表明，早在远古时代，我们的祖先就在这片古老而又神奇的土地上劳动、繁衍、生息，并创造了丰富多彩的远古文化，这为德州运河区域的建立、富强以及农业经济科技的发展奠定了深厚的基础。人们在长期的采集实践活动中，逐渐认识了一些植物的生长规律，于是就尝试着在居住地附近将采集来的这些植物种子、果实种在土里，以期待它们发芽、生长、开花、结果。在经过近几十万年的漫长岁月，到距今约一万年左右，随着全新世界的到来，德州运河区域原始农业便在这种有利条件的孕育下得以诞生。从目前出土的石铲、蚌铲、蚌镰、石磨盘、石磨棒等新石器时代的生产工具和陶器上粟作遗痕发现来看，当时德州运河区域的社会经济不但以农业为主，而且还是我国较早产生粟作农业的地区之一。

历史发展到夏商时期，德州运河区域农业有了进一步发展。此时期所发现的石质、骨质、蚌质的铲、镰、刀、锄和更适合农耕的新型农具方孔石锄和弧面石刀等生产工具比原始社会时期有了明显的进步。到商代，农具中则出现了青铜斧、镰、犁等。西周时，德州运河区域地属于齐。一方面因地制宜的“劝其女工，极技巧，通鱼盐”（ 《史记·货殖列传》），发展工商业；另一方面也极其关注农业生产的发展，并把“大农”放在“大农、大工、大商”三宝之首（《四库全书·兵家类》）。从以上表明，德州运河区域以农业为主的经济发展，奠定于石器时代，积聚于夏商周时期。长期的农业历史文化沉积，使德州运河区域的人们积累了丰富的农作经验，这为春秋战国时期德州运河区域农业科技的振兴奠定了比较坚实的基础。

1994年，撤销德州地区和县级德州市，设立地级德州市。德州市设立德城区，以原县级德州市的行政区域为德城区的行政区域，区人民政府驻原县级德州市人民政府驻地。

1992年10月4日，将陵县的赵宅乡、赵虎乡、袁桥乡、抬头寺乡和平原县的王村店乡划归德州市管辖。

1993年10月29日，撤销德州市二十铺乡，将其行政区域并入黄河涯乡。

1994年9月7日，撤销德州市黄河崖乡、二屯乡，设立黄河崖镇、二屯镇。

1995年6月20日，撤销德城区宋官屯乡，设立宋官屯镇。

1998年12月7日，将德州市德城区于官屯乡的东七里铺、林庄2个自然村和长庄乡的杨庄、小齐庄、杏园、孙家堤口、赵辛庄5个自然村划归宋官屯镇管辖（鲁政函民字[1998]35号）。

1999年，德城区辖5个街道、3个镇、8个乡：马市街道办事处、建设街道办事处、丰华街道办事处、盐店口街道办事处、东地街道办事处、二屯镇、黄河涯镇、宋官屯镇、于官屯乡、陈庄乡、长庄乡、抬头寺乡、袁桥乡、赵宅乡、赵虎乡、王村店乡。

2000年6月15日，德城区撤销陈庄乡、盐店口街道办事处，以原陈庄乡的行政区域设立运河街道办事处，将原盐店口街道办事处的管辖范围划归运河街道办事处管辖，办事处机关驻原陈庄乡人民政府驻地；撤销于官屯乡、马市街道办事处，以原于官屯乡的行政区域设立新华街道办事处，将原马市街道办事处的管辖范围划归新华街道办事处管辖，办事处机关驻原于官屯乡人民政府驻地；撤销建设、丰华两个街道办事处，合并设立新湖街道办事处，办事处机关驻原建设街道办事处机关驻地；撤销长庄乡，以原长庄乡的行政区域设立天衢街道办事处，办事处机关驻原长庄乡人民政府驻地；撤销赵虎乡、赵宅乡，合并设立赵虎镇，赵虎镇人民政府驻原赵虎乡人民政府驻地；撤销王村店乡，将其行政区域并入黄河涯镇（鲁政函民字[2000]46号）。

截至2002年12月31日，德城区辖5个街道、4个镇、2个乡。