明清

从明代起，福州一直是福建的首府。明初的福州造船业发达、航海技术先进。1396年，福州三十六姓开始迁居琉球，而郑和舰队选择长乐县太平港作为停泊基地、物资采办地及开赴西洋的起点，很多学者认为郑和舰队的宝船即是福州制造的福船（古代木质海船代表），而大批干练的福州籍水手则活跃在郑和舰队中。 此后福州海外贸易逐渐复苏，1474年成为福建市舶司的所在地。福州还是中国和琉球交往的枢纽，福州柔远驿专门用于接待琉球使者、商人。嘉靖年间福州府倭患甚重，戚继光曾两度入闽平定倭寇。自明朝晚期起，欧洲的葡萄牙、西班牙、荷兰、意大利等国同福州的接触渐趋频繁，1624年底，艾儒略将天主教传入福州。1645年，明唐王朱聿键在福州建都称帝，改元隆武，1646年，清军击溃隆武政权后攻占福州。

清初，清军与郑成功一度在福州地界进行拉锯战，1674年至1676年，耿精忠又据福州反清。动荡的局势导致清政府施行海禁、迁界政策，强迫福州沿海居民内迁，重创福州沿海的社会经济，直到1684年迁界政策取消。 明清两代较为稳定的社会环境使福州城大规模发展。清代中前期，福州中国重要的海洋贸易中心， 其主要贸易对象是琉球和日 本，多有福州府人移民琉球和日 本。 经济的繁荣也使人口猛增，到了19世纪道光年间，有欧洲人估计福州城市人口可能已经达到50万。

鸦片战争之后，1844年福州作为五口之一正式开埠。自1845年南台岛的英 国领事馆建立起，先后有17个国家在福州设领事馆。台江地区沿江和上、下杭一带成为进出口贸易中心，而福州的茶叶出口更占到中国茶叶出口总量的35%。外资、民营与官营的银行、企业、商号等相继在福州开办。1847年，基督教新教开始在福州传播，并在此后创立了许多教会学校和福州最早的报纸和期刊。洋务运动兴起后，1866年（同治五年），清政府在马尾设立了福建船政局（后改福州船政局）以建造现代舰船，并开设福建船政学堂培养相关人才。随后福建水师成立。1884年中法战争期间，在马尾港发生的马江海战导致福建水师几乎全军覆没。晚清的福州是中国较为现代化的城市。清朝立宪运动后，福建省咨议局于1909年在福州开幕。1911年11月9日，福建同盟会击败清军，占领福州，成立了福建军政府。