1949年10月1日，中华人民共和国成立后，平潭仍属第四专署。1950年4月专署改称闽侯专员公署。1956年6月，闽侯专区撤销，平潭属晋江专区。同年7月21日，经国务院批准，将大扁岛（面积4.8平方公里）划归福清县辖。1959年8月，恢复闽侯专区，平潭属闽侯专区。1971年6月，闽侯专区革命委员会改称莆田地区革命委员会，平潭属莆田地区革委会。1983年6月，平潭划归福州市人民政府管辖。1995年，仍属福州市人民政府。[2]

2010年，省委召开会议，平潭综合实验区正式更名为“福建省平潭综合实验区”，简称“平潭综合实验区”或“平潭实验区”；不再使用“福州（平潭）综合实验区”这个名称。