海源阁藏书首次遭难是在咸丰十一年。时太平天国军在江浙一带将天一阁等洗劫一空,北方则有捻军袭扰齐鲁大地。是年二月,捻军渡运河北上,将杨氏肥城西华跗庄陶南山馆所藏焚失近半,所焚多为宋元旧椠,尤以经部为多,损失当有四五万卷,宋元旧本近百种。
　　光绪二十六年,八国联军攻入北京。当时海源阁主人杨保彝正服官京师,居住于南顺城街,家居亦被“撞破”。杨敬夫云:“公元一九零零年庚子之役,那次战乱中丢失了古代文物及宋元珍本书籍一百多种。”
　　民国以来,政局动荡,以致海源阁藏书迭遭损失,前后计三四次之多,历数年之久,初为匪劫,继遭兵燹。1929年7月10日,匪军之一河北馆陶土匪王金发进入聊城,海源阁帖片、册页、字画损失大半。1930年,王冠军等土匪入聊城,肆意劫掠杨氏藏书,损毁变卖,计损失经部十分之七,史部十分之四,子部十分之四,集部十分之三,宋元版完全损失。